Постановление 758: Постановление Правительства Российской Федерации от 26.04.2022 № 758 ∙ Официальное опубликование правовых актов ∙ Официальный интернет-портал правовой информации

А Войчак ¹ , В. Коди, Дж. Р. Люфт, В. Пангборн

принадлежность

• ¹ Hauptman-Woodward Medical Research Institute, Inc., Буффало, Нью-Йорк 14203, США.

• PMID: 15299640
• DOI: 10.1107/S0
• 4996003046

А. Войчак и соавт. Acta Crystallogr D Биол Кристаллогр. 1996 .

. 1996 г., 1 июля; 52 (часть 4): 758–65.

дои: 10. 1107/S0

Авторы

А Войчак ¹ , В. Коди, Дж. Р. Люфт, В. Пангборн

принадлежность

• ¹ Hauptman-Woodward Medical Research Institute, Inc., Буффало, Нью-Йорк 14203, США.

• PMID: 15299640
• DOI: 10.1107/S0
• 4996003046

Абстрактный

Молекулярные структуры двух комплексов транстиретина человека (hTTR, преальбумин), сокристаллизованных с тироксином (3,5,3′,5′-тетрайодо-L-тиронином; T(4)), и с 3′,5′- динитро-N-ацетил-LL-тиронина (ДННАТ), определяли рентгеноструктурным методом. Кристаллы обеих структур ромбические, пространственная группа P2(1)2(1)2, имеют два независимых мономера в асимметричном звене кристаллической решетки. Эти структуры были уточнены до 17,0% для данных с разрешением 8-2,0 А для комплекса Т(4) (I) и до R = 18,4% для данных с разрешением 8-2,2 А для структуры DNNAT (II). В этом отчете представлено подробное описание связывания T(4) с hTTR дикого типа при разрешении 2,0 A, а также DNNAT. В обеих структурах два независимых сайта связывания гормонов тетрамера TTR заняты лигандом. Для учета кристаллографической двойной симметрии вдоль канала связывания и отсутствия такой симметрии для лигандов была применена модель 50% статистического беспорядка. Результаты для сокристаллизованного комплекса T(4) показывают, что T(4) связывается глубоко в гормонсвязывающем канале и вытесняет связанную воду, о которой ранее сообщалось для T(4), пропитанного нативным кристаллом транстиретина [Blake & Oatley (19).77). Природа (Лондон), 268, 115-120]. DNNAT также связывается глубже в канале по направлению к центру тетрамера, чем T (4), с нитрогруппами, занимающими симметричные самые внутренние карманы галогена. N-ацетильный фрагмент не образует полярных контактов с боковыми цепями белка, поскольку он ориентирован к центру канала. Слабое сродство связывания DNNAT является результатом потери гидрофобных взаимодействий с карманами связывания галогена, как это наблюдается при связывании T (4). Эти данные свидетельствуют о том, что центры связывания галогена по направлению к тетрамерному центру имеют первостепенное значение, поскольку они заняты аналогами со слабым сродством к TTR и, следовательно, выбираются по сравнению с другими сайтами галогена, которые вносят больший вклад в общую аффинность связывания.

Похожие статьи

• Связывание лиганда на границе димер-димер транстиретина: структура комплекса транстиретин-T4Ac при разрешении 2,2 Ангстрем.

  Нойманн П., Коди В., Войчак А. Нейманн П. и соавт. Acta Crystallogr D Биол Кристаллогр. 2005 г., октябрь 61 (часть 10): 1313-9. дои: 10.1107/S0

• 4
  2523. Epub 2005, 28 сентября. Acta Crystallogr D Биол Кристаллогр. 2005. PMID: 16204882

• Структура новой полиморфной моноклинной формы транстиретина человека при разрешении 3 Å выявляет смешанный комплекс между нелигандными и связанными с Т4 тетрамерами TTR.

  Войчак А., Нойманн П., Коди В. Войчак А. и соавт. Acta Crystallogr D Биол Кристаллогр. 2001 г., июль; 57 (часть 7): 957–67. doi: 10.1107/s0

• 4
  6047. Epub 2001 21 июня. Acta Crystallogr D Биол Кристаллогр. 2001. PMID: 11418763

  • Кристаллическая структура транстиретина крысы при разрешении 2,5 A: первый отчет об уникальной тетрамерной структуре.

    Войчак А. Войчак А. Акта Биохим Пол. 1997;44(3):505-17. Акта Биохим Пол. 1997. PMID: 9511961

  • Структурное понимание индуцированных рН конформационных изменений в нативном тетрамере транстиретина человека.

    Palaninathan SK, Mohamedmohaideen NN, Snee WC, Kelly JW, Sacchettini JC. Паланинатан С.К. и соавт. Дж Мол Биол. 2008 24 октября; 382 (5): 1157-67. doi: 10.1016/j.jmb.2008.07.029. Epub 2008 16 июля. Дж Мол Биол. 2008. PMID: 18662699

  • Определение кристаллической структуры комплекса транстиретин-3′,5′-дибром-2′,4,4′,6-тетрагидроксиаурона человека с разрешением 2,3-А.

    Цишак Э., Коди В., Люфт-младший. Цишак Э. и соавт. Proc Natl Acad Sci U S A. 1992 15 июля; 89 (14): 6644-8. doi: 10.1073/pnas.89.14.6644. Proc Natl Acad Sci U S A. 1992. PMID: 1631168 Бесплатная статья ЧВК.

  Посмотреть все похожие статьи

  Цитируется

  • Оценка амилоидогенности вариантов гена транстиретина.

    Гретер Н.Б., Направник Ф., Имхоф Т., Линке Р.П., Бразен Дж.Х., Шмитц Дж., Дорн М., Шнайдер С., Свачина МКР, Штетефельд Дж., Кох М., Леманн Х.К. Гретер Н.Б. и соавт. Энн Клин Перевод Neurol. 2022 авг;9(8): 1252-1263. doi: 10.1002/acn3.51626. Epub 2022 29 июля. Энн Клин Перевод Neurol. 2022. PMID: 35

    5 Бесплатная статья ЧВК.

  • Multi-eGO: линза in silico для изучения кинетики агрегации белков с атомарным разрешением.

    Скалоне Э., Броггини Л., Висентин С., Эрба Д., Бачич Топлек Ф., Пекини К., Пеллегрино С., Риканьо С. , Пайссони С., Камиллони С. Скалоне Э. и др. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 28 июня; 119(26):e2203181119. doi: 10.1073/pnas.2203181119. Epub 2022 23 июня. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022. PMID: 35737839

  • Комплекс транстиретин/олеуропеин-агликон: новый инструмент против TTR-амилоидоза.

    Бемпорад Ф., Лери М., Рамазотти М., Стефани М., Буччиантини М. Бемпорад Ф. и соавт. Фармацевтика (Базель). 2022 23 февраля; 15 (3): 277. doi: 10.3390/ph25030277. Фармацевтика (Базель). 2022. PMID: 35337074 Бесплатная статья ЧВК.

  • Неправильное свертывание транстиретина, фатальный структурный механизм патогенеза.

    Си Дж.Б., Ким Б., Ким Дж.Х. Si JB и др. Int J Mol Sci. 2021 23 апреля; 22 (9): 4429. дои: 10. 3390/ijms22094429. Int J Mol Sci. 2021. PMID: 33922648 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

  • Тиромиметические ингибиторы транстиретинового амилоидоза на основе дифенилметана.

    Ким Б., Ко Ю.Х., Рунфола М., Раппоселли С., Орторе Г., Кьеллини Г., Ким Д.Х. Ким Б. и др. Int J Mol Sci. 2021 28 марта; 22(7):3488. дои: 10.3390/ijms22073488. Int J Mol Sci. 2021. PMID: 33800546 Бесплатная статья ЧВК.

  Просмотреть все статьи “Цитируется по”

  Электронная библиотека – Канал разрешения споров | ICC Knowledge 2 Go

  Канал ICC по разрешению споров позволяет вам быть в курсе самых последних публикаций и в то же время предоставляет доступную для поиска базу данных наград, статей и отчетов ICC.

  Он содержит выдержки из решений, вынесенных арбитражными судами ICC, статьи с комментариями и анализом права и практики, справочные документы ICC, включая ежегодный статистический отчет об арбитраже ICC, отчеты Комиссии, предлагающие руководящие принципы и обсуждение процедурных и основных вопросов, примечания Секретариата, разъясняющие Правила и практика ICC, а также новости, представляющие интерес для пользователей разрешения споров ICC.

  Дополнения к Бюллетеню Международного арбитражного суда ICC представляют собой специальные ежегодные выпуски, посвященные определенной теме. Они содержат статьи, посвященные различным аспектам темы. Некоторые дополнения также содержат выдержки из решений, вынесенных арбитражными судами ICC, и отчеты комиссий.

  Канал разрешения споров ICC также содержит полную коллекцию правил разрешения споров ICC в одном доступном для поиска месте. Каждый набор правил определяет отдельную процедуру, предназначенную для удовлетворения конкретных потребностей в мире международного бизнеса. Включены следующие правила:

  • Правила арбитража ICC
  • Правила ICC для доарбитражной процедуры арбитра
  • Правила назначающего органа
  • ICC ADR (мировое разрешение споров)
  • Правила ICC по разрешению споров
  • Правила экспертизы ICC
  • Правила DOCDEX

  Сервис настолько прост в использовании и наполнен жизненно важной информацией, что вы удивитесь, как вы обходились без него так долго!

  ПУБЛИКАЦИИ	СОДЕРЖИМОЕ ПО КАТЕГОРИЯМ
  СУДЕБНЫЕ БЮЛЛЕТЕНИ Полные выпуски Бюллетеня Международного арбитражного суда ICC за последние 10 лет на английском и французском языках	НАГРАДЫ Все выдержки из арбитражных решений ICC, опубликованные в Бюллетене Международного арбитражного суда ICC и дополнении к нему с 1990 года
  ДОПОЛНЕНИЯ К БЮЛЛЕТЕНЯМ Последние дополнения к Бюллетеню Международного арбитражного суда ICC на английском и французском языках	ИЗДЕЛИЯ Полный каталог статей, опубликованных в Библиотеке разрешения споров, с прямым доступом к каждой статье
  LIBER AMICORUM РОБЕРТ БРАЙНЕР Полное содержание Глобальных размышлений о международном праве, торговле и разрешении споров	СТАТИСТИЧЕСКИЕ ОТЧЕТЫ Статистические отчеты Международного арбитражного суда ICC за последние 10 лет
  ДОСЬЕ ИНСТИТУТА Последние досье Института мирового коммерческого права ICC, а также избранные более ранние публикации	ОТЧЕТЫ КОМИССИИ Опубликованные отчеты и рекомендации Арбитражной комиссии Международной торговой палаты
  ПРАВИЛА Полное многоязычное собрание правил разрешения споров ICC	ПРИМЕЧАНИЯ СЕКРЕТАРИАТА Записки Секретариата Международного арбитражного суда ICC, содержащие информацию для сторон и арбитров

  Количество учебных занятий:	Продолжительность : 1 год
  Уровень :	Язык: Английский
  Кредитная категория:

  ЭКОНОМЬТЕ ВРЕМЯ

  Основным преимуществом сервиса является возможность быстрого поиска среди тысяч страниц контента, чтобы найти именно ту информацию, которая вам нужна.

  ЭКОНОМЬТЕ ДЕНЬГИ

  Было подсчитано, что только экономия времени перевесит затраты на обслуживание в течение нескольких месяцев.

  ДОСТУП В ЛЮБОЕ ВРЕМЯ И В ЛЮБОМ МЕСТЕ

  Услуга доступна в любом месте, где есть доступ в Интернет, что позволяет вам обращаться в библиотеку по всему миру во время путешествий или работы над конкретными делами.

  РАСШИРЕННЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ ПОИСКА

  Поиск по публикации или по категории контента. Поиск по языку, автору, ключевому слову или дате. Включите связанные документы и сноски. Или любую комбинацию вышеперечисленного, чтобы перейти непосредственно к информации, которую вы ищете.

  • СТАНДАРТНАЯ ПОДПИСКА: 1500 €/пользователь/год
  • СКИДКА 20% ДЛЯ ЧЛЕНОВ ICC* : 1200 евро/пользователь/год
  • ИНДИВИДУАЛЬНЫЙ ПРАКТИК*: 750 евро/пользователь/год
    * Индивидуальные практикующие специалисты относятся к лицам, которые работают независимо и не являются частью юридической фирмы
  • ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ ПРЕДЛОЖЕНИЕ*: 600 €/пользователь/год
  • НЕСКОЛЬКО ПОДПИСОК В ОДНОЙ ОРГАНИЗАЦИИ *:

  *Пожалуйста, свяжитесь с нами напрямую для получения информации о скидках и нескольких подписках.

  Контактная информация: Тел.: +353 1 2352166 или электронная почта: [email protected]

  Все подписчики получают имя пользователя и пароль, действительные в течение одного года с даты активации. Имена пользователей и пароли не могут быть переданы.

  Многофункциональное штрих-кодирование с помощью ClonMapper позволяет изучать клональную динамику с высоким разрешением во время эволюции опухоли и лечения

  Abstract

  Методы отслеживания клонов позволили охарактеризовать клональную динамику в сложных популяциях, но, как правило, не позволяют интегрировать геномные, эпигеномные и транскриптомные измерения с манипуляциями с живыми клетками конкретных представляющих интерес клонов. Мы разработали функциональную систему отслеживания клонов ClonMapper, которая объединяет ДНК-штрихкодирование с секвенированием РНК отдельных клеток и выделением клонов, чтобы всесторонне охарактеризовать тысячи клонов в гетерогенных популяциях. Используя ClonMapper, мы идентифицировали субпопуляции клеточной линии хронического лимфоцитарного лейкоза с различными клональными композициями, транскрипционными сигнатурами и траекториями выживания после химиотерапии; закономерности, которые также наблюдались при первичном хроническом лимфоцитарном лейкозе человека. Возможность извлекать определенные клоны до, во время и после лечения позволяла проводить прямые измерения клональной диверсификации и устойчивых транскрипционных сигнатур субпопуляций. ClonMapper — это мощный многофункциональный подход к анализу сложной клональной динамики прогрессии опухоли и терапевтического ответа.

  Это предварительный просмотр содержимого подписки, доступ через ваше учреждение

  Соответствующие статьи

  Статьи открытого доступа со ссылками на эту статью.

  • Клональное штрих-кодирование с обнаружением qPCR позволяет проводить функциональный анализ живых клеток для исследования рака

    • Цючен Го
    • , Милош Спасич
    •  … Сандра С. Макаллистер

    Связь с природой Открытый доступ 04 июля 2022 г.

  Варианты доступа

  Подписаться на журнал

  Получить полный доступ к журналу на 1 год

  118,99 €

  всего 9,92 € за номер

  Подписка

  Расчет налогов будет завершен во время оформления заказа.

  Купить статью

  Получите ограниченный по времени или полный доступ к статье на ReadCube.

  32,00 $

  Купить

  Все цены указаны без учета стоимости.

  Рис. 1: Экспрессированные штрих-коды показывают клональную динамику ответа на химиотерапевтическое лечение в клеточных линиях MCL и CLL. Рис. 2: Характеристика и клинические ассоциации субпопуляций с высокой и низкой выживаемостью. Рис. 3: Клоны с высокой выживаемостью проявляют повышенную устойчивость к лекарствам. Рис. 4. Секвенирование всего генома с помощью ClonMapper выявило клональное и субклональное генетическое разнообразие. Рис. 5: Клоны сохраняют характерную транскриптомную идентичность в течение курса лечения.

  Доступность данных

  Все данные эпигеномного секвенирования HG3, подтверждающие результаты этого исследования, были депонированы в Gene Expression Omnibus под кодом доступа GSE151431. Ранее опубликованные данные полноэкзомного секвенирования пациентов, получавших флударабин и ибрутиниб, были взяты из базы данных dbGaP с регистрационными номерами phs0009.22.v1.p1 и phs001431.v1.p соответственно. Ранее опубликованные данные scRNA-seq для пациентов, получавших ибрутиниб, доступны в базе данных dbGaP под номером доступа phs2335.v1. Все остальные данные, подтверждающие результаты этого исследования, можно получить у соответствующих авторов по обоснованному запросу. Исходные данные приводятся вместе с настоящей статьей.

  Наличие кода

  Данные одноклеточной РНК были обработаны с помощью Cell Ranger v. 3.1 (https://www.10xgenomics.com/) и проанализированы с помощью пакета Python scanpy v.1.4.5 (https://scanpy .readthedocs.io/en/stable/). Обработка последовательности штрих-кода проводилась с использованием нашего алгоритма кассира (v.0.1) (https://github.com/brocklab/cashier). Код для моделирования динамики роста также доступен на GitHub (https://github.com/kej19).93johnson/Lineage_transitions). Любой дополнительный код можно получить у соответствующих авторов по запросу.

  Ссылки

  1. Марусик А., Янишевская М. и Поляк К. Внутриопухолевая гетерогенность: розеттский камень устойчивости к терапии. Раковая клетка 37 , 471–484 (2020).

     КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  2. Турайлич С., Сотторива А., Грэм Т. и Суонтон С. Разрешение генетической гетерогенности при раке. Нац. Преподобный Жене. 20 , 404–416 (2019).

     КАС пабмед Статья Google ученый

  3. Иган, Дж. Б. и др. Полногеномное секвенирование множественной миеломы от диагноза до лейкемии плазматических клеток выявляет геномные инициирующие события, эволюцию и клональные приливы. Кровь 120 , 1060–1066 (2012).

     КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  4. Касар, С. и др. Полногеномное секвенирование выявляет сигнатуры индуцированной активацией цитидиндезаминазы во время развития индолентного хронического лимфоцитарного лейкоза. Нац. коммун. 6 , 8866 (2015).

     КАС пабмед Статья Google ученый

  5. Ландау, Д. А. и др. Эволюция и влияние субклональных мутаций при хроническом лимфоцитарном лейкозе. Cell 152 , 714–726 (2013).

     КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  6. Рот, А. и др. PyClone: ​​статистический вывод о структуре клональной популяции при раке. Нац. Методы 11 , 396–398 (2014).

     КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  7. Уильямс М.Дж., Сотторива А. и Грэм Т.А. Измерение клональной эволюции рака с помощью геномики. год. Преподобный Геномикс Хам. Жене. 20 , 309–329 (2019).

     КАС пабмед Статья Google ученый

  8. Бханг Х. Э. и др. Изучение клональной динамики в ответ на терапию рака с использованием штрих-кодирования высокой сложности. Нац. Мед. 21 , 440–448 (2015).

     КАС пабмед Статья Google ученый

  9. “>

     Хата, А. Н. и др. Опухолевые клетки могут следовать различным эволюционным путям, чтобы стать устойчивыми к ингибированию рецепторов эпидермального фактора роста. Нац. Мед. 22 , 262–269 (2016).

     КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  10. Калхор, Р., Мали, П. и Черч, Г. М. Быстро развивающиеся самонаводящиеся штрих-коды CRISPR. Нац. Методы 14 , 195–200 (2017).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  11. Пей, В. и др. Штрих-кодирование Polylox выявляет судьбы гемопоэтических стволовых клеток, реализованные in vivo. Природа 548 , 456–460 (2017).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  12. Кебшулл, Дж. М. и Задор, А. М. Сотовое штрих-кодирование: отслеживание происхождения, скрининг и не только. Нац. Методы 15 , 871–879 (2018).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  13. Kong, W. et al. CellTagging: комбинаторное индексирование для одновременного сопоставления происхождения и идентичности при разрешении одной клетки. Нац. протокол 15 , 750–772 (2020).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  14. Вайнреб, К., Родригес-Фратичелли, А., Камарго, Ф. Д. и Кляйн, А. М. Отслеживание родословных на транскрипционных ландшафтах связывает состояние с судьбой во время дифференциации. Наука https://doi.org/10.1126/science.aaw3381 (2020).

  15. Wagner, D. E. et al. Одноклеточное картирование ландшафтов экспрессии генов и родословных у эмбрионов рыбок данио. Наука 360 , 981–987 (2018).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  16. “>

      Вагнер, Д. Э. и Клейн, А. М. Отслеживание клонов встречается с одноклеточными омиками: возможности и проблемы. Нац. Преподобный Жене . https://doi.org/10.1038/s41576-020-0223-2 (2020 г.).

  17. Радж, Б., Ганьон, Дж. А. и Шир, А. Ф. Крупномасштабная реконструкция клеточных линий с использованием считывания транскриптомов отдельных клеток и CRISPR-Cas9штрих-коды scGESTALT. Нац. протокол 13 , 2685–2713 (2018).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  18. Алемани, А., Флореску, М., Барон, К.С., Петерсон-Мадуро, Дж. и ван Ауденарден, А. Отслеживание клонов всего организма с использованием секвенирования отдельных клеток. Природа 556 , 108–112 (2018).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  19. Аль-Хафаджи, А. М., Дезеридж, Д. и Брок, А. Контроль экспрессии клон-специфических генов с помощью функционализированных штрих-кодов гРНК. ACS Synth Biol. 7 , 2468–2474 (2018).

      ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  20. Фельдман, Д. и др. CloneSifter: обогащение редких клонов из гетерогенных клеточных популяций. БМС Биол. 18 , 177 (2020).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  21. Умкерер, К. и др. Выделение клонов живых клеток из популяций со штрих-кодом с использованием CRISPRa-индуцируемых репортеров. Нац. Биотехнолог . https://doi.org/10.1038/s41587-020-0614-0 (2020 г.).

  22. Датлингер, П. и др. Объединенный скрининг CRISPR со считыванием транскриптома одной клетки. Нац. Методы 14 , 297–301 (2017).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  23. “>

      Нефтель, К. и др. Интегративная модель клеточных состояний, пластичности и генетики глиобластомы. Cell 178 , 835–849 (2019).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  24. Ландау, Д. А. и др. Мутации, вызывающие ХЛЛ, и их эволюция при прогрессировании и рецидиве. Природа 526 , 525–530 (2015).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  25. Грубер, М. и др. Динамика роста при естественно прогрессирующем хроническом лимфоцитарном лейкозе. Природа 570 , 474–479 (2019).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  26. Chen, L. et al. Активация CXCR4 является индикатором чувствительности к блокаде В-клеточного рецептора/PI3K и потенциальным механизмом резистентности при зависимых от В-клеточного рецептора диффузных крупноклеточных В-клеточных лимфомах. Haematologica 105 , 1361–1368 (2020).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  27. Li, L., Chai, Y., Wu, C. & Zhao, L. Хемокиновый рецептор CXCR4: важный игрок, влияющий на молекулярно-направленные препараты, обычно используемые при гематологических злокачественных новообразованиях. Эксперт Преподобный Гематол. 13 , 1387–1396 (2020).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  28. Ефремова, М., Венто-Тормо, М., Тайхманн, С.А. и Венто-Тормо, Р. CellPhoneDB: определение связи между клетками на основе комбинированной экспрессии многосубъединичных комплексов лиганд-рецептор. Нац. протокол 15 , 1484–1506 (2020).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  29. Джованноне, Н. и др. Галектин-9 подавляет передачу сигналов рецептора В-клеток и регулируется I-разветвлением N-гликанов. Нац. коммун. 9 , 3287 (2018).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  30. Джованнон Н., Смит Л.К., Треанор Б. и Димитрофф С.Дж. Взаимодействия галектин-гликан как регуляторы В-клеточного иммунитета. Перед. Иммунол. 9 , 2839 (2018).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  31. Кобаяши Т. и др. Галектин-9 проявляет антимиеломную активность через пути киназы JNK и p38 MAP. Лейкемия 24 , 843–850 (2010).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  32. Kuroda, J. et al. Воздействие галектина-9 на активирующий фактор транскрипции 3 индуцирует апоптоз и преодолевает различные типы резистентности к лечению при хроническом миелогенном лейкозе. Мол. Рак рез. 8 , 994–1001 (2010).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  33. Кагешита, Т. и др. Возможная роль галектина-9 в клеточной агрегации и апоптозе клеточных линий меланомы человека и его клиническое значение. Междунар. Дж. Рак 99 , 809–816 (2002).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  34. Wiersma, V.R. et al. Гликан-связывающий белок галектин-9обладает прямой апоптотической активностью в отношении клеток меланомы. Дж. Инвест. Дерматол. 132 , 2302–2305 (2012).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  35. Коэн, С. и др. Цитокин мидкин и его рецептор RPTPzeta регулируют выживаемость В-клеток в пути, индуцированном CD74. Дж. Иммунол. 188 , 259–CD269 (2012).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  36. Коэн, С. и Шачар, И. Мидкин как регулятор выживания В-клеток в норме и при болезни. Бр. Дж. Фармакол. 171 , 888–895 (2014).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  37. Пиетила, М. и др. SORLA регулирует эндосомальный перенос и онкогенную приспособленность HER2. Нац. коммун. 10 , 2340 (2019).

      ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  38. Кэмпион, О. и др. Вклад семейства рецепторов липопротеинов низкой плотности в прогрессирование рака молочной железы. Перед. Онкол. 10 , 882 (2020).

      ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  39. “>

      Книсбахер, Б. и др. Проект CLL-1100: к полной характеристике генома и улучшению прогноза ХЛЛ. В году 62-е ежегодное собрание и выставка ASH, 5–8 декабря 9.0377 (2020).

  40. Feng, Y.C. et al. Инактивация c-Myc p53 через панраковую lncRNA MILIP управляет патогенезом рака. Нац. коммун. 11 , 4980 (2020).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  41. Хаяши, Ф. и др. Повышенная экспрессия трехчастного мотива (TRIM), подобного 2, способствует росту опухоли при раке ротовой полости человека. Биохим. Биофиз. Рез. коммун. 508 , 1133–1138 (2019).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  42. Кунг С.П., Хаку С., Дженнис М., Чжоу Ю. и Мерфи М.Е. Идентификация TRIML2, новой мишени для р53, которая усиливает SUMOилирование р53 и регулирует трансактивацию проапоптотических генов. Мол. Рак рез. 13 , 250–262 (2015).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  43. Сюй Л. и др. Приобретенные мутации, связанные с устойчивостью к ибрутинибу при макроглобулинемии Вальденстрема. Кровь 129 , 2519–2525 (2017).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  44. Эфферт, Т. и др. Сопутствующая чувствительность натуральных продуктов к лекарственно-устойчивым раковым клеткам. Биотехнолог. Доп. 38 , 107342 (2020).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  45. Goldman, A. et al. Ориентация на фенотипическую пластичность опухоли и метаболическое ремоделирование при адаптивной перекрестной лекарственной устойчивости. Науч. Сигнал. https://doi.org/10.1126/scisignal. aas8779 (2019 г.).

  46. Имамович Л. и др. Лекарственная фенотипическая конвергенция поддерживает рациональные стратегии лечения хронических инфекций. Cell 172 , 121–134 (2018).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  47. Лин, К. Х. и др. Использование антагонистической плейотропии для создания эволюционной ловушки, вызванной химиотерапией, для борьбы с лекарственной устойчивостью рака. Нац. Жене. 52 , 408–417 (2020).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  48. Тонг М. и др. Новые идеи с точки зрения расширяющейся гомогенности для определения внутриопухолевой гетерогенности. Рак Коммуна. 38 , 17 (2018).

      Артикул Google ученый

  49. “>

      Акар, А. и др. Использование эволюционного управления для индукции побочной лекарственной чувствительности при раке. Нац. коммун. 11 , 1923 (2020).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  50. Чжан Дж., Каннингем Дж. Дж., Браун Дж. С. и Гейтенби Р. А. Интеграция эволюционной динамики в лечение метастатического резистентного к кастрации рака предстательной железы. Нац. коммун. 8 , 1816 (2017).

      ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  51. Люкен, М. Д. и Тейс, Ф. Дж. Текущие передовые методы анализа одноклеточной РНК-секвенции: учебное пособие. Мол. Сист. биол. 15 , e8746 (2019).

      ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  52. Buttner, M. , Miao, Z., Wolf, F.A., Teichmann, S.A. & Theis, F.J. Метрика теста для оценки корректировки партии одноклеточной РНК-seq. Нац. Методы 16 , 43–49 (2019).

      ПабМед Статья КАС Google ученый

  53. Vieth, B., Parekh, S., Ziegenhain, C., Enard, W. & Hellmann, I. Систематическая оценка конвейеров анализа секвенирования РНК отдельных клеток. Нац. коммун. 10 , 4667 (2019).

      ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  54. Трааг, В. А., Уолтман, Л. и ван Эк, Нью-Джерси. От Лувена до Лейдена: гарантия хорошо связанных сообществ. Науч. Респ. 9 , 5233 (2019).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  55. Лун, А. Т., Бах, К. и Мариони, Дж. К. Объединение клеток для нормализации данных секвенирования одноклеточной РНК со многими нулевыми подсчетами. Геном Биол. 17 , 75 (2016).

      ПабМед Статья КАС Google ученый

  56. Zhang, J.M., Kamath, G.M. & Tse, D.N. Действительный посткластерный дифференциальный анализ для одноклеточной РНК-seq. Сотовая система . 9 , 383–392 (2019).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  57. Mootha, V.K. et al. Гены, реагирующие на PGC-1α, участвующие в окислительном фосфорилировании, скоординировано подавляются при диабете человека. Нац. Жене. 34 , 267–273 (2003).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  58. Ляо, Ю., Смит, Г.К. и Ши, В. featureCounts: эффективная программа общего назначения для сопоставления считываний последовательностей с геномными признаками. Биоинформатика 30 , 923–930 (2014).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  59. Corces, M. R. et al. Доступность хроматина для конкретных линий и отдельных клеток отображает гемопоэз человека и эволюцию лейкемии. Нац. Жене. 48 , 1193–1203 (2016).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  60. Liao, Y., Smyth, G.K. & Shi, W. R-пакет Rsubread проще, быстрее, дешевле и лучше подходит для выравнивания и количественной оценки результатов секвенирования РНК. Рез. нуклеиновых кислот. 47 , e47 (2019).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  61. Ryan, J. A., Brunelle, J. K. & Letai, A. Повышенное митохондриальное праймирование является основой апоптотической гиперчувствительности CD4 ⁺ CD8 ⁺  тимоцитов. Проц. Натл акад. науч. США 107 , 12895–12900 (2010 г.).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  62. Cibulskis, K. et al. Чувствительное обнаружение соматических точечных мутаций в неочищенных и гетерогенных образцах рака. Нац. Биотехнолог. 31 , 213–219 (2013).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  63. Бенджамин Д. и др. Вызов соматических SNV и вставок с помощью Mutect2. Препринт на bioRxiv https://doi.org/10.1101/861054 (2019).

  64. Ким, С. и др. Стрелка2: быстрый и точный вызов зародышевых и соматических вариантов. Нац. Методы 15 , 591–594 (2018).

      КАС Статья пабмед Google ученый

  65. Chen, X. et al. Manta: быстрое обнаружение структурных вариантов и делеций для приложений секвенирования зародышевой линии и рака. Биоинформатика 32 , 1220–1222 (2016).

      КАС Статья пабмед Google ученый

  66. Wala, J.A. et al. SvABA: полногеномное обнаружение структурных вариантов и вставок путем локальной сборки. Рез. генома . 28 , 581–591 (2018).

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  67. Сан, Р. и др. Точка останова: использование артефактов локального сопоставления для поддержки обнаружения точек останова последовательности из односторонних чтений. Биоинформатика 28 , 1024–1025 (2012).

      КАС пабмед Статья Google ученый

  68. Педрегоса, Ф. и др. Scikit-learn: машинное обучение на Python. JMLR 12 , 2825–2830 (2011).

      Google ученый

  69. Stegle, O., Parts, L., Durbin, R. & Winn, J. Байесовская структура для учета сложных негенетических факторов в уровнях экспрессии генов значительно увеличивает мощность исследований eQTL. Вычисл. PLoS. биол. 6 , e1000770 (2010 г.).

      ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  Скачать ссылки

  Благодарности

  Мы выражаем признательность С. Поллоку, Л. Нгуену, Х. Лайону и К. Паттерсону за профессиональное управление проектом. Мы благодарим C. Hahn, I. Leschiner и B. Persaud за отличный вклад в анализ секвенирования человека. Мы признательны за поддержку со стороны Национальных институтов здравоохранения (5R21CA212928, 5R01CA226258 по А.Б.; и 3P01CA206978-03S1, 1U10CA180861-01, 1P01CA206978-01 C.J.W.). C.J.W. является ученым Общества лейкемии и лимфомы и К. Г. является ученым в рамках программы MMSAP Американского общества гематологов и программы индивидуальных преддокторских стипендий F31 Diversity через NCI. Э.Б. является получателем стипендии Техасского университета в Остине Провосте и стипендии Ф.М. Джонс и Х. Л. Брюс получили стипендию для выпускников. К.Дж. выражает благодарность за поддержку в рамках стипендии для выпускников Национального научного фонда (1610403). Б.А.К. была поддержана долгосрочной стипендией EMBO (ALTF 14-2018). Мы благодарим Центр проточной цитометрии Dana-Farber, Центр секвенирования Института Броуда и Центр секвенирования и анализа генома Техасского университета в Остине за их услуги. Все рабочие процессы scRNA-seq проводились в Лаборатории трансляционной иммуногеномики Института рака Дана-Фарбер.

  Информация об авторе

  Примечания автора

  1. Эти авторы внесли равный вклад: Кэтрин Гутьеррес, Азиз М. Аль-Хафаджи, Эрик Бреннер.

  Authors and Affiliations

  1. Harvard Medical School, Boston, MA, USA

     Catherine Gutierrez, Satyen H. Gohil, Ziao Lin, Anthony Letai, Gad Getz & Catherine J. Wu

  2. Department of Medical Онкология, Институт рака Дана-Фарбер, Бостон, Массачусетс, США

     Кэтрин Гутьеррес, Сатьен Х. Гохил, Шуцян Ли, Сальма Парвин, Анат Биран, Ванди Чжан, Кеннет Дж. Ливак, Энтони Летай и Кэтрин Дж. Ву

  3. Институт клеточной и молекулярной биологии Техасского университета в Остине , Остин, Техас, США

     Азиз М. Аль-Хафаджи, Эрик Бреннер, Рассел Э. Дарретт и Эми Брок

  4. Факультет биомедицинской инженерии Техасского университета в Остине, Остин, Техас, США

     Азиз М. Аль’Хафаджи, Эрик Бреннер, Кейтлин Э. Джонсон, Рассел Э. Дарретт и Эми Брок

  5. Широкий институт Массачусетского технологического института и Гарварда, Кембридж, Массачусетс, США

     Азиз М. Аль-Хафаджи, Сатьен Х. Гохил, Цзяо Линь, Биньямин А. Книсбахер, Шуцян Ли, Анат Биран, Гад Гетц и Кэтрин Дж. Wu

  6. Отделение академической гематологии, Университетский колледж Лондона, Лондон, Великобритания

     Satyen H. Gohil

  7. Отделение клинической гематологии, University College London Hospitals NHS Foundation Trust, London, UK

     Satyen H. Gohil

  8. Гарвардский университет, Кембридж, Массачусетс, США,

     Ziao Lin

  9. Лаборатория трансляционной иммуногеномики, Институт рака Dana-Farber, Бостон, MA, USA

     . Медицина, Калифорнийский университет в онкологическом центре Сан-Диего Мурс, Ла-Хойя, Калифорния, США

     Лаура Рассенти и Томас Дж. Киппс

  10. Департамент наук о данных, Онкологический институт Даны Фарбер, Бостон, Массачусетс, США

      Donna Neuberg

  11. Department of Pathology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA, USA

      Gad Getz

  12. Center for Cancer Research, Massachusetts General Hospital, Boston, MA, USA

      Gad Getz

  13. Департамент медицины, Бригам и женская больница, Бостон, Массачусетс, США

      Кэтрин Дж. Ву

  Авторы

  1. Кэтрин Гутьеррес

     Посмотреть публикации авторов

     Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  2. Азиз М. Аль-Хафаджи

     Просмотр публикаций автора

     Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  3. Eric Brenner

     Просмотр публикаций автора

     Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  4. Кейтлин Э. Джонсон

     Посмотреть публикации автора

     Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  5. Satyen H. Gohil

     Просмотр публикаций автора

     Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  6. Ziao Lin

     Просмотр публикаций автора

     Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  7. Binyamin A. Knisbacher

     Посмотреть публикации автора

     Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия

  8. Russell E. Durrett

     Просмотр публикаций автора

     Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  9. Shuqiang Li

     Посмотреть публикации автора

     Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  10. Salma Parvin

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  11. Анат Биран

      Посмотреть публикации автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  12. Wandi Zhang

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  13. Laura Rassenti

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  14. Томас Дж. Киппс

      Посмотреть публикации автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  15. Kenneth J. Livak

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  16. Donna Neuberg

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  17. Anthony Letai

      Посмотреть публикации автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  18. Gad Getz

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  19. Кэтрин Дж. Ву

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

  20. Эми Брок

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия

  Взносы

  К. Г. и А.М.А. задумал и спроектировал исследование. К.Г., А.М.А. и Э.Б. выполнил и проанализировал большую часть экспериментов под руководством А. Брока. и C.J.W. К.Э.Дж. выполнили все математическое моделирование и анализы роста и смертности. З.Л. выполнил все анализы WGS под руководством Г.Г. RD сгенерировал вычислительные конвейеры для анализа штрих-кода и обработал данные RNA-seq и ATAC-seq. С.Л. и К.Дж.Л. подготовили библиотеки scRNA-seq 10X Genomics. С.П. и А.Л. выполнили и проанализировали анализ профилирования Bh4. С.Г. проводил эксперименты с отдельными клетками, а также обеспечивал передачу данных из образцов пациентов. Б.А.К. собрали, обработали и проанализировали массив РНК-секвенций от пациентов с ХЛЛ и сравнили с HG3. В.З. и А. Биран обработал образцы пациентов для анализа. Л.Р. и Т.Дж.К. предоставили первичные образцы ХЛЛ. Э.Б., К.Э.Дж. и Д. Н. внесли свой вклад в статистический анализ. Все авторы участвовали в анализе данных. К.Г., А.М.А. и Э.Б. написал рукопись. Все авторы рецензировали рукопись перед отправкой. C.J.W. и А. Брок. в равной степени и совместно руководили этой работой.

  Авторы переписки

  Переписка с Кэтрин Дж. Ву или Эми Брок.

  Декларации этики

  Конкурирующие интересы

  C.J.W. владеет акциями BioNTech Inc. и получает финансирование исследований от Pharmacyclics. C.J.W. и Д. Н. были консультантами h4 Biomedicine и получали финансирование на исследования от Celgene. ГАРАНТИРОВАННАЯ ПОБЕДА. получает средства на исследования от IBM и Pharmacyclos и является изобретателем нескольких патентов, связанных с биоинформатикой, в том числе связанных с MuTect и ABSOLUTE. Все остальные авторы заявляют об отсутствии конкурирующих интересов.

  Дополнительная информация

  Примечание издателя Springer Nature остается нейтральной в отношении юрисдикционных претензий в опубликованных картах и ​​институциональной принадлежности.

  Расширенные данные

  Расширенные данные Рис. 1 Генерация и анализ разнообразных популяций штрихкодов.

  

  a , UMAP профилей экспрессии, полученных из объемной последовательности РНК 6 необработанных образцов HG3 (TP0) и 610 первичных CLL, не подвергавшихся лечению, аннотированных экспрессионным кластером (слева) и Статус мутации IGHV (справа) ³⁹ . Все 616 образцов были предварительно обработаны вместе с использованием факторов PEER для устранения технических эффектов ⁶⁹ . b , Иерархическая кластеризация профилей экспрессии, использованная в ( a ), дополнительно подтверждает сходство между HG3 и IGHV – немутировавшими первичными CLL, как отмечено по основным элементам поддерева дендрограммы (красный, HG3; желтый, IGHV ). – немутировавший). c , Разнообразие библиотеки ClonMapper по оценке глубокого секвенирования. Зеленые точки соответствуют общему количеству уникальных чтений при соответствующей глубине считывания. Было идентифицировано приблизительно 68 миллионов уникальных штрих-кодов при глубине считывания 138 миллионов считываний (красная линия), а подгонка выборочных данных (синяя линия) дает оценки уникальных штрих-кодов ~7,6 × 10 ⁷ . d , Частотное распределение штрих-кодов библиотеки ClonMapper, определенное методом глубокого секвенирования (глубина 138 миллионов считываний без основания ниже Q30). e , CellTiter-Glo анализ 72-часовых кривых дозы с использованием каждого химиотерапевтического средства по отдельности ( n = 2 репликации клеточной культуры из одного независимого эксперимента, соответственно) или ( f ) в комбинации в молярных соотношениях, эквивалентных соответствующим каждому лекарственному средству. LD ₅₀ концентрации (HG3 n = 2, REC1 n = 3 репликации клеточной культуры, как в d выше). g , Графики Ridgeline, представляющие логарифмическое 2-кратное изменение пропорций штрих-кода от TP0 до TP1, где штрих-коды сгруппированы по их присутствию в 8 репликациях культуры клеток со штрих-кодом. Показаны только штрих-коды с содержанием 0,005% (HG3) и 0,0005% (REC1) или выше в TP0. h , Количество считываний уникальных штрих-кодов в культуре клеток со штрих-кодом TP0 и TP1 в репликах 1-8, нормализованное до log ₁₀ отсчетов на миллион. Штрих-коды сортируются в порядке убывания суммы их количества в столбцах TP1. i , Диаграммы Венна клонов, занимающих кластеры HS по сравнению с кластерами LS в TP0 и TP1.

  Источник данных

  Расширенные данные Рис. 2. Экспрессия маркерного гена с течением времени в кластерах выживаемости.

  a , Тепловая карта экспрессии маркерного гена с повышенной регуляцией в TP0 по сравнению с TP1 HS (вверху; строки отмечены вертикальной оранжевой полосой) и TP1 по сравнению с TP0 HS (внизу; строки отмечены вертикальной красной полосой). b , Тепловая карта экспрессии маркерного гена с повышенной регуляцией в TP0 по сравнению с TP1 LS (вверху; строки отмечены вертикальной синей полосой) и TP1 по сравнению с TP0 LS (вверху; строки отмечены вертикальной зеленой полосой). Все с log2(FC) > 2, q  < 0,05.

  Источник данных

  Расширенные данные Рис.

  3 Молекулярные характеристики популяций с высокой и низкой выживаемостью.

  a , Графики корреляции количества уникальных штрих-кодов, определенных путем выборки штрих-кодов CD18 ⁺ и CXCR4 ⁺ изолированных популяций ( n  = 1 биологически независимый образец). b , Диаграмма Венна перекрытия между уникальными штрих-кодами, идентифицированными путем выборки штрих-кодов из популяций, отсортированных с помощью FACS, и уникальными штрих-кодами, идентифицированными с помощью scRNA-seq. c , График корреляции дифференциально экспрессируемых генов между субпопуляциями HS и LS, измеренный с помощью scRNA-seq и объемной RNA-seq ( n = 1921 ген). d , Два главных пути (FDR < 0,25, номинальный P  < 0,05), идентифицированные с помощью анализа обогащения набора генов дифференциально экспрессируемых генов, идентифицированных с помощью объемного секвенирования РНК. e , График корреляции генов, дифференциально экспрессируемых с помощью RNA-seq, которые также имеют дифференциально доступные пики с помощью ATAC-seq. Корреляция Спирмена = 0,63; n = 4010 генов. f , Обогащение мотива фактора транскрипции в пределах дифференциально доступных пиков ATAC-seq (двусторонний тест Вальда DESeq2 q  < 0,05, n = 6 парных образцов) в субпопуляциях HS по сравнению с LS. Оценки мотивов представляют собой E-значения, полученные с помощью AME с использованием точного теста Фишера. Красный; факторы транскрипции, участвующие в передаче сигналов Wnt и Notch. г , Log2(FC) обогащения мотива фактора транскрипции в пределах дифференциально доступных пиков ATAC-seq (DESeq2, двусторонний тест Вальда q  < 0,05, n = 6 парных образцов) в субпопуляциях HS и LS, окрашенных экспрессией генов. h , Анализ жизнеспособности субпопуляции HS, обработанной низкомолекулярными ингибиторами путей Wnt, Notch или CXCR4. ANOVA с критерием Даннета использовали для корректировки значений p для сравнения каждого экспериментального условия с одним контролем ( n = 3 биологически независимых образца). Усы, минимальное и максимальное значения, прямоугольник, первая и третья квартиль, линия, медиана.

  Источник данных

  Расширенные данные Рис. 4 Высокие и низкие показатели выживаемости в первичных образцах ХЛЛ.

  a , Анализ транскриптомного обогащения показателей передачи сигналов CXCR4, Wnt и Notch ( n = 23 пациента; односторонний t-критерий; корректировки для множественных сравнений не проводились). b , UMAP последовательностей скРНК из образцов пациентов ( n  = 4 пациентов) после FCR-терапии. Образцы аннотируются подписями HS и LS. c , UMAP scRNA-seq от пациентов 1 и 3, аннотированный сигнатурой Wnt. d , Обогащение сигналов в совпадающих транскриптомах, собранных у когорты из 13 пациентов с IGHV – немутантным ХЛЛ до и через 6-12 месяцев после начала терапии ибрутинибом (односторонний t-критерий; поправки для множественных сравнений не делались). e , UMAP последовательностей скРНК из образцов пациентов до и во время терапии ибрутинибом ( n  = 2 пациента). f . Схема передачи сигналов CXCR4, Wnt и Notch в клонах HS. Как передающие лиганды, так и принимающие рецепторы активируются в HS по сравнению с клонами LS. Интенсивность цвета (синий при передаче, красный при приеме) указывает на log2 (FC) в экспрессии, идентифицированной с помощью объемного секвенирования РНК.

  Источник данных

  Расширенные данные Рис. 5 Дифференциальная динамика роста субпопуляций с высокой и низкой выживаемостью.

  a , Подогнанная скорость роста уникальных клонов в TP0 в 4 параллельных репликациях клеточных культур со штрих-кодом, помеченных по классификации HS (красный) и LS (синий). b , Процент населения, принадлежащего к субпопуляциям HS или LS, после 96-часового роста. c , Подсчет клеток основной массы, субпопуляций HS и LS при TP0 и TP1. Количество клеток LS TP1 было статистически значимо выше ( P  = 0,00029), чем число клеток TP0. Статистически значимой разницы между количеством клеток HS TP0 и TP1 не было ( P  = 0,639). P-значения, рассчитанные с использованием двустороннего двухвыборочного t-критерия Стьюдента ( n = 1 из 2 биологически независимых экспериментов с 3 техническими повторами в каждом, планки погрешностей обозначают среднее ± стандартное отклонение; корректировки для множественного сравнения не проводились). d , Сложенные гистограммы изображают субпопуляции HS и LS (отмеченные GFP или RFP соответственно), совместно культивированные в различных пропорциях и проанализированные с помощью проточной цитометрии в динамике по времени. e , UMAP данных scRNA-seq из образцов пациентов после FCR-терапии, аннотированных экспрессией LGALS9 и SORL1 (красный контур, высокая экспрессия выживаемости; синий контур, низкая экспрессия выживаемости – как показано на рис. 4c с расширенными данными). f , Bh4 профилирование LS субпопуляций по сравнению с HS субпопуляциями. Статистическая значимость определена с использованием метода Холма-Сидака для двусторонних t-тестов множественного сравнения, альфа = 0,05 ( n = 1 биологически независимый эксперимент с 3 техническими повторами, планки погрешностей обозначают среднее значение ± SD). г , Процентная распространенность штрих-кодов при ТР0 и ТР0,5 в 4 параллельных репликациях клеточных культур со штрих-кодом, помеченных классификацией HS (красный), LS (синий) и неназначенной (серый). h , Упорядоченное распределение количества штрих-кодов в каждый момент времени, где каждый столбец представляет родословную. Красный, ХС. Синий, ЛС. Серый, неназначенный. i – j , UMAP данных scRNA-seq из TP0, TP0.5 и TP1 с аннотациями 10 лучших линий и лейденских кластеров ( n = 14 505 клеток). k , Масштабированная экспрессия генов, соответствующих путям из анализа GSEA (входные данные из двусторонней суммы рангов Уилкоксона, сравнивающей кластеры TP0,5 HS и LS).

  Источник данных

  Расширенные данные Рис. 6 Клональная диверсификация.

  a , Фракции раковых клеток (CCF) с репрезентативными мутациями HS, обогащенные при рецидиве химиотерапии, в группе из 71 пациента с ХЛЛ, получавших флударабин, циклофосфамид и ритуксимаб ^24,25 . b , Изменение бремени опухолевых мутаций (TMB) у 71 пациента с рецидивом ХЛЛ, получавших флударабин и циклофосфамид или флударабин, циклофосфамид и ритуксимаб. Необработанная разница (слева; двусторонний парный t-критерий, t  = −2,72, P  = 0,008). Верно, log2(FC) кратное изменение.

  Источник данных

  Дополнительная информация

  Сводка отчетов

  Дополнительные таблицы

  Дополнительные таблицы 1–9

  Исходные данные

  Рис. 1

  Статистические исходные данные.

  Рис. 2

  Статистические исходные данные.

  Рис. 2

  Реконструированные повторы вестерн-блоттинга 1–3.

  Рис. 3

  Статистические исходные данные.

  Рис. 4

  Статистические исходные данные.

  Рис. 5

  Исходные статистические данные.

  Расширенные данные Рис. 1

  Исходные статистические данные.

  Расширенные данные Рис. 2

  Исходные статистические данные.

  Расширенные данные Рис. 3

  Исходные статистические данные.

  Расширенные данные Рис. 4

  Исходные статистические данные.

  Расширенные данные Рис. 5

  Исходные статистические данные.

  Расширенные данные Рис. 6

  Исходные статистические данные.

  Права и разрешения

  Перепечатки и разрешения

  Об этой статье

  Эта статья цитируется

  • Распутывая паутину внутриопухолевой неоднородности

    • Чжэци Ли
    • Марко Зеехауэр
    • Корнелия Поляк

    Nature Cell Biology (2022)

  • Освоение использования клеточного штрих-кодирования для изучения гетерогенности рака

    • Антонин Серрано
    • Жан Бертеле
    • Дельфин Меринос

    Обзоры природы Рак (2022)

  • CRISPR в биологии и терапии рака

    • Алина Катти
    • Бьянка Дж.