Снип монтаж технологических трубопроводов: Библиотека государственных стандартов

Технологическое оборудование и технологические трубопроводы сНиП 3.05.05-84

СТРОИТЕЛЬНЫЕ НОРМЫ И ПРАВИЛА

ГОСУДАРСТВЕННЫЙ КОМИТЕТ СССР

ПО ДЕЛАМ СТРОИТЕЛЬСТВА

РАЗРАБОТАНЫ ВНИИмонтажспецстроем Минмонтажспецстроя СССР (инж. В. Я. Эйдельман, д-р техн. наук В. В. Поповский — руководители темы; кандидаты техн. наук В. И. Оботуров, Ю. В. Попов, Р. И. Тавастшерна), Гипронефтеспецмонтажом Минмонтажспецстроя СССР (канд. техн. наук И. С. Гольденберг) и Гипрохиммонтажом Минмонтажспецстроя СССР (инженеры И. П. Петрухин, М. Л. Эльяш).

ВНЕСЕНЫ Минмонтажспецстроем СССР.

ПОДГОТОВЛЕНЫ К УТВЕРЖДЕНИЮ Отделом технического нормирования и стандартизации Госстроя СССР (инж. Б. А. Соколов) .

С введением в действие СНиП 3.05.05-84 „Технологическое оборудование и технологические трубопроводы” утрачивает силу СНиП III. 31.78* „Технологическое оборудование. Основные положения”.

Государственный комитет	Строительные нормы и правила	СНиП 3.05.05-84
по делам строительства (Госстрой СССР)	Технологическое оборудование и технологические трубопроводы	Взамен СНиП III-31-78*

Настоящие правила распространяются на производство и приемку работ по монтажу технологического оборудования и технологических трубопроводов (в дальнейшем — „оборудование” и „трубопроводы”), предназначенных для получения, переработки и транспортирования исходных, промежуточных и конечных продуктов при абсолютном давлении от 0,001 МПа (0,01 кгс/см

2) до 100 МПа вкл. (1000 кгс/см²), а также трубопроводов для подачи теплоносителей, смазки и других веществ, необходимых для работы оборудования.

Правила должны соблюдаться всеми организациями и предприятиями, участвующими в проектировании и строительстве новых, расширении, реконструкции и техническом перевооружении действующих предприятий.

Работы по монтажу оборудования и трубопроводов, подконтрольных Госгортсхнадзору СССР, в том числе сворка и контроль качества сварных соединений, должны производиться согласно правилам и нормам Госгортехнадзора СССР.

1.1. При производстве работ по монтажу оборудования и трубопроводов необходимо соблюдать требования СНиП по организации строительного производства, СНиП III-4-80, стандартов, технических условий и ведомственных нормативных документов, утвержденных в соответствии со СНиП 1.01.01-82*.

1.2. Работы по монтажу оборудования и трубопроводов должны производиться в соответствии с утвержденной проектно-сметной и рабочей документацией, проектом производства работ (ППР) и документацией предприятий-изготовителей.

Внесены Минмонтажспецстроем СССР

Утверждены постановлением Государственного комитета СССР по делам строительства от 7 мая 1984 г. № 72

Срок введения в действие 1 января 1985 г.

1.3. Монтаж оборудования и трубопроводов должен осуществляться на основе узлового метода строительства и комплектно-блочного метода монтажа.

Примечания: 1. Под узловым методом строительства понимается организация строительно-монтажных работ с разделением пускового комплекса на взаимоувязанные между собой технологические узлы — конструктивно и технологически обособленные части объекта строительства, техническая готовность которых после завершения строительно-монтажных работ позволяет автономно, независимо от готовности объекта в целом, производить пусконаладочные работы, индивидуальные испытании и комплексное опробование агрегатов, механизмов и устройств.

2. Под комплектно-блочным методом монтажа понимается организация монтажа оборудования и трубопроводов с максимальным переносом работ со строительной площадки в условия промышленного производства с агрегированием оборудования, трубопроводов и конструкций в блоки на предприятиях-поставщиках, а также на сборочно-комплектовочных предприятиях строительной индустрии и строительно-монтажных организаций с поставкой на стройки в виде комплектов блочных устройств.

1.4. В документации, выдаваемой в соответствии с п. 1.2 монтажной организации, должны быть предусмотрены:

а) применение технологических блоков и блоков коммуникаций с агрегированием, их составных частей на основе номенклатуры и технических требований, утвержденных или взаимно согласованных вышестоящими организациями заказчика и подрядчика, осуществляющего монтажные работы;

б) разделение объекта строительства на технологические узлы, состав и границы которых определяет проектная организация по согласованию с заказчиком и подрядчиком, осуществляющим монтажный работы;

в) возможность подачи технологических блоков и блоков коммуникаций к месту монтажа в собранном виде с созданием в необходимых случаях монтажных проемов в стенах и перекрытиях зданий и шарнирных устройств в опорных строительных конструкциях для монтажа методом поворота, а также с усилением при необходимости строительных конструкций для восприятия ими дополнительных временных нагрузок, возникающих в процессе монтажа; постоянные или временные дороги для перемещения тяжеловесного и крупногабаритного оборудования, а также кранов большой грузоподъемности;

г) данные по допускам для расчета точности выполнения геодезических разбивочных работ и создания внутренней геодезической разбивочной основы для монтажа оборудования.

1.5. Генподрядчик должен привлекать монтажную организацию к рассмотрению и составлению заключения по проекту организации строительства, конструктивным решениям зданий и сооружений, а также технологическим компоновкам, в которых должны быть определены возможность и основные условия производства работ комплектно-блочным и узловым методами.

1.6. Генподрядчик должен обеспечить, а монтажная организация — поручить от генподрядчика (или, по согласованию с ним, непосредственно от заказчика) необходимый комплект рабочей документации с отметкой заказчика на каждом чертеже (экземпляре) о принятии к производству.

1.7. Поставку оборудования, трубопроводов и необходимых для монтажа комплектующих изделий и материалов следует осуществлять по графику, согласованному с монтажной организацией, где должна предусматриваться первоочередная поставка машин, аппаратов, арматуры, конструкций, изделий и материалов, включенных в спецификации на блоки, подлежащие изготовлению монтажными организациями.

1.8. Окончанием работ по монтажу оборудования и трубопроводов надлежит считать завершение индивидуальных испытаний, выполненных в соответствии с разд. 5 настоящих правил, и подписание рабочей комиссией акта приемки оборудования.

После окончания монтажной организацией работ по монтажу, т. е. завершения индивидуальных испытаний и приемки оборудования под комплексное опробование, заказчик производит комплексное опробование оборудования в соответствии с обязательным приложением 1.

1.9. На каждом объекте строительства в процессе монтажа оборудования и трубопроводов следует вести общий и специальные журналы производства работ согласно СНиП по организации строительного производства и оформлять производственную документацию, виды и содержание которой должны соответствовать обязательному приложению 2, а ее формы — устанавливаться ведомственными нормативными документами.

Технологическое оборудование и технологические трубопроводы СНиП 3.

05.05-84

Главная

Информация

Каталоги и справочники

15.06.2012

Настоящие правила распространяются на производство и приемку работ по монтажу технологического оборудования и технологических трубопроводов (в дальнейшем – “оборудование” и “трубопроводы”), предназначенных для получения, переработки и транспортирования исходных, промежуточных и конечных продуктов при абсолютном давлении от 0,001 МПа (0,01 кгс/кв.см) до 100 МПа вкл. (1000 кгс/кв.см), а также трубопроводов для подачи теплоносителей, смазки и других веществ, необходимых для работы оборудования. 

Правила должны соблюдаться всеми организациями и предприятиями, участвующими в проектировании и строительстве новых, расширении, реконструкции и техническом перевооружении действующих предприятий. Работы по монтажу оборудования и трубопроводов, подконтрольных Госгортехнадзору, в том числе сварка и контроль качества сварных соединений, должны производиться согласно правилам и нормам Госгортехнадзора.

С введением в действие СНиП 3.05.05-84 „Технологическое оборудование и технологические трубопроводы” утрачивает силу СНиП III. 31.78* „Технологическое оборудование. Основные положения”

Содержание книги Технологическое оборудование и технологические трубопроводы СНиП 3.05.05-84

Общие положения Подготовка к производству монтажных работ Общие требования Передача в монтаж оборудования, изделий и материалов Приемка под монтаж зданий, сооружений и фундаментов Изготовление сборочных единиц трубопроводов Сборка технологических блоков и блоков коммуникаций Производство монтажных работ Общие требования Монтаж оборудования Монтаж трубопроводов Сварные и другие неразъемные соединения трубопроводов Общие требования Контроль качества соединений стальных трубопроводов Контроль качества соединений трубопроводов из цветных металлов и сплавов Контроль качества соединений пластмассовых трубопроводов Индивидуальные испытания смонтированного оборудования и трубопроводов Приложение 1 Обязательное Порядок производства пусконаладочных работ Приложение 2 Обязательное Производственная документация, оформляемая при монтаже оборудования и трубопроводов Приложение 3 Обязательное Механические испытания сварных образцов стальных трубопроводов Приложение 4 Обязательное Определение суммарного балла качества сварного соединения стального трубопровода по результатам радиографического контроля

Поделиться ссылкой:

Вернуться к списку

Установка — документация CFSAN SNP Pipeline 2.

2.1

Программный пакет SNP Pipeline состоит из сценариев Python с зависимостями от исполняемых программ, запускаемых скриптами.

Шаг 1. Требования к операционной системе

Конвейер SNP работает в среде Linux. Это было протестировано на следующих платформах:

• Красная шляпа
• CentOS
• Убунту

Шаг 2. Зависимости исполняемого программного обеспечения

Перед использованием конвейера SNP необходимо установить следующее программное обеспечение.

Программное обеспечение	Протестированная версия	Описание
Галстук-бабочка2	2.3.4.1	Инструмент для выравнивания считываний с длинными эталонными последовательностями
СМАЛЬТА	0.7.6	Инструмент для выравнивания считываний с длинными эталонными последовательностями
SAMtools	1,8	Утилиты для управления выравниваниями в формате SAM
Пикард	2. 18.4	Набор инструментов для работы с данными последовательности
ГАТК	3.8-1-0	Инструменты для обнаружения вариантов и генотипирования
ВарСкан	2.3.9	Инструмент для обнаружения вариантов в данных NGS
табикс	1,8	Универсальный индексатор для файлов положения генома с разделителями табуляцией
bgzip	1,8	Часть пакета tabix, bgzip — утилита сжатия блоков
BcfTools	1,8	Утилиты для вызова вариантов и управления VCF и BCF

Примечание: приведенные выше версии протестированы и работают вместе. Другие версии также могут работать.

Примечание: вам понадобится Bowtie2 или SMALT. Вам не нужно устанавливать оба. Однако включенные файлы результатов были сгенерированы с помощью Bowtie2. Ваши результаты могут отличаться при использовании СМАЛТ.

Примечание. Пикард требуется при удалении повторяющихся чтений и при повторном выравнивании чтений вокруг вставок. Обе эти функции включены по умолчанию, но их можно отключить в файле конфигурации.

Примечание. GATK требуется при повторном выравнивании операций чтения вокруг вставок, что включено по умолчанию. но может быть отключен в файле конфигурации.

Шаг 3. Переменные среды

Определите переменную среды CLASSPATH, чтобы указать расположение jar-файлов Picard, VarScan и GATK. Добавлять следующие строки (или что-то подобное) в ваш файл .bashrc:

 экспорт ПУТЬ К КЛАССУ=~/software/varscan.v2.3.9/VarScan.jar:$ПУТЬ К КЛАССУ
экспорт ПУТЬ К КЛАССУ=~/software/picard/picard.jar:$ПУТЬ К КЛАССУ
экспорт CLASSPATH=~/software/GenomeAnalysisTK-3.8-1-0-gf15c1c3ef/GenomeAnalysisTK.jar:$CLASSPATH
 

Шаг 4 — Python

Конвейер SNP совместим с версиями Python 2.7, 3.4, 3.5, 3.6 и 3.7. Конвейер не тестировался на других версиях Python. Вы можете либо собрать из исходного кода, либо установить предварительно скомпилированную версию с помощью менеджера пакетов Linux.

Шаг 5 — Pip

Это может быть трудным шагом установки — действуйте осторожно. Инструмент pip используется для установки пакетов Python. включая snp-pipeline и другие пакеты, используемые snp-pipeline. Некоторые новые версии Python включают pip. Проверьте, не установлен ли уже pip:

 $ pip -V
 

Если pip еще не установлен, выполните следующие действия:

 Загрузите get-pip.py с https://pip.pypa.io/en/latest/installing.html#install-pip
$ python get-pip.py --user
 

Примечание: избегайте использования sudo при установке pip. У некоторых пользователей возникли проблемы с установкой и загрузкой пакетов, когда pip устанавливается с помощью sudo.

Шаг 6. Установка пакета SNP Pipeline Python

Существует несколько способов установки SNP Pipeline в зависимости от того, собираетесь ли вы работать с исходным кодом или просто запускаете его.

Метод установки 1 для большинства пользователей

Это рекомендуемый метод установки для новых пользователей.

Если вы хотите запустить программное обеспечение без просмотра или изменения исходного кода, следуйте приведенным ниже инструкциям.

В командной строке:

 $ pip install --user snp-pipeline
 

Или, если у вас установлен virtualenvwrapper:

 $ mkvirtualenv snp-pipeline
$ pip установить snp-конвейер
 

Способ установки 2 для разработчиков программного обеспечения

Если вы собираетесь работать с исходным кодом в роли разработчика программного обеспечения, вам следует клонировать репозиторий GitHub, как описано в разделе «Содействие» этой документации.

Модернизация конвейера SNP

Если вы ранее устанавливали с помощью pip, вы можете обновить его до новейшей версии из командной строки:

 $ pip install --user --upgrade snp-pipeline
 

Удаление SNP Pipeline

Если вы устанавливали с помощью pip, вы можете удалить из командной строки:

 $ pip uninstall snp-pipeline
 

Советы

Существует зависимость от пакета psutil python. Пип попытается установите пакет psutil автоматически при установке snp-pipeline. Если произойдет сбой с сообщением об отсутствующем Python.h, вам нужно будет вручную установите пакет python-dev. В Ubuntu используйте эту команду:

 $ sudo apt-get установить python-dev
 

Возможно, вам потребуется обновить среду выполнения Java (JRE) для запуска Picard.

Интегрированный конвейер добычи и использования SNP (ISMU) для данных секвенирования следующего поколения

1. Имельфорт М., Эдвардс Д. (2009) De novo секвенирование геномов растений с использованием технологий второго поколения. Кратко Биоинформ 10: 609–618 10.1093/нагрудник/bbp039 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

2. Варшней Р.К., Наяк С.Н., Май Г.Д., Джексон С.А. (2009 г.) Технологии секвенирования следующего поколения и их значение для генетики и селекции сельскохозяйственных культур. Тенденции Биотехнологии 27: 522–530 10.1016/j.tibtech.2009.05.006 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

3. Маршалл Д.Дж., Хейворд А., Илз Д., Имельфорт М., Стиллер Дж. и др. (2010) Целевая идентификация геномных регионов с использованием TAGdb. Растительные методы 6: 19–19 10.1186/1746-4811-6-19 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

4. Майкл Т.П., Джексон С. (2013) Первые 50 геномов растений. Plant Gen 6: doi:10.3835/plantgenome2013.03.0001 [Google Scholar]

5. Дюран С., Эпплби Н., Варди М., Имельфорт М., Эдвардс Д. и др. (2009)Обнаружение полиморфизма одиночных нуклеотидов в ячмене с использованием autoSNPdb. Завод Биотехнолог J 7: 326–333 10.1111/j.1467-7652.2009.00407.x [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

6. Лу Т., Лу Г., Фан Д., Чжу С., Ли В. и др. (2010) Функциональная аннотация транскриптома риса при разрешении одного нуклеотида с помощью RNA-seq. Геном Res 20: 1238–1249 гг. 10.1101/гр.106120.110 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

7. Дубей А., Фармер А., Шлютер Дж., Кэннон С.Б., Абернати Б. и др. (2011)Определение сборки транскриптома и ее использование для изучения динамики генома и профилирования транскриптома у голубиного гороха ( Cajanus cajan L.). ДНК Res 18: 153–164 10.1093/dnares/dsr007 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

8. Гарг Р., Патель Р.К., Тьяги А.К., Джейн М. (2011) Сборка транскриптома нута De novo с использованием коротких прочтений для обнаружения генов и идентификации маркеров. ДНК Res 18: 53–63 10.1093/dnares/dsq028 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Hiremath PJ, Farmer A, Cannon SB, Woodward J, Kudapa H, et al. (2011) Крупномасштабный транскриптомный анализ нута ( Cicer arietinum L.), бесхозной бобовой культуры полузасушливых тропиков Азии и Африки. Завод Биотехнолог J 9: 922–931 10.1111/j.1467-7652.2011.00625.x [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

10. Дешам С., Ла Рота М., Раташак Дж. П., Биддл П., Турин Д. и др. (2010) Быстрое обнаружение однонуклеотидного полиморфизма по всему геному в сое и рисе путем глубокого повторного секвенирования библиотек с уменьшенным представлением с помощью анализатора генома Illumina. Ген завода 3: 53–68 10.3835/растительный геном2009.09.0026 [CrossRef] [Google Scholar]

11. ван Тассел К.П., Смит Т.П.Л., Матукумалли Л.К., Тейлор Дж.Ф., Шнабель Р.Д. и соавт. (2008)Обнаружение SNP и оценка частоты аллелей путем глубокого секвенирования библиотек с уменьшенным представлением. Нат Методы 5: 247–252 10.1038/н-мет.1185 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

12. Гор М.А., Чиа Дж.М., Элшир Р.Дж., Сан К., Эрсоз Э.С. и др. (2009) Карта гаплотипов кукурузы первого поколения. Наука 326: 1115–1117 10.1126/наука.1177837 [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

13. Hyten DL, Cannon SB, Song Q, Weeks N, Fickus EW и др. (2010)Обнаружение SNP с высокой пропускной способностью посредством глубокого повторного секвенирования библиотеки с уменьшенным представлением для закрепления и ориентации каркасов в последовательности всего генома сои. Геномика BMC 11: 38–38 10.1186/1471-2164-11-38 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

14. Wu X, Ren C, Joshi T, Vuong T, Xu D и др. (2010)Обнаружение SNP с помощью высокопроизводительного секвенирования в сое. Геномика BMC 11: 469–469 10.1186/1471-2164-11-469[Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

15. van Orsouw NJ, Hogers RCJ, Janssen A, Yalcin F, Snoeijers S, et al. (2007) Снижение сложности полиморфных последовательностей (CRoPS): новый подход к обнаружению крупномасштабного полиморфизма в сложных геномах. PLoS Один 2: e1172 10.1371/journal.pone.0001172 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

16. Baird NA, Etter PD, Atwood TS, Currey MC, Shiver AL, et al. (2008)Быстрое открытие SNP и генетическое картирование с использованием секвенированных маркеров RAD. PLoS Один 3: e3376 10.1371/journal.pone.0003376 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

17. Elshire RJ, Glaubitz JC, Sun Q, Poland JA, Kawamoto K, et al. (2011) Надежный подход простого генотипирования путем секвенирования (GBS) для видов с большим разнообразием. PLoS Один 6: e19379 10.1371/journal.pone.0019379 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

18. Davey JW, Hohenlohe PA, Etter PD, Boone JQ, Catchen JM, et al. (2011)Полногеномное открытие генетических маркеров и генотипирование с использованием секвенирования следующего поколения. Нат Рев Жене 2: 499–510 10.1038/нрг3012 [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

19. Huang X, Feng Q, Qian Q, Zhao Q, Wang L и др. (2009) Высокопроизводительное генотипирование путем полногеномного повторного секвенирования. Геном Res 19: 1068–1076 10.1101/гр.089516.108 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

20. Мецкер М.Л. (2010) Технологии секвенирования – следующее поколение. Нат Рев Жене 11: 31–46 10.1038/nrg2626 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

21. Килиан Б., Гранер А. (2012)Технологии NGS для анализа разнообразия зародышевой плазмы в банках генов. Краткая функциональная геномика 11: 38–50 10.1093/bfgp/elr046 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

22. You FM, Huo N, Deal KR, Gu YQ, Luo MC и др. (2011)Обнаружение полногеномных SNP на основе аннотаций в большом и сложном геноме Aegilops tauschii с использованием секвенирования следующего поколения без эталонной последовательности генома. Геномика BMC 12: 59–59 10.1186/1471-2164-12-59 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

23. Гаур Р., Азам С., Джина Дж., Хан А.В., Чоудхари С. и др. (2012) Высокопроизводительное обнаружение SNP и генотипирование для построения карты насыщенного сцепления нута ( Cicer arietinum L.). ДНК Res 19: 357–373 10.1093/dnares/dss018 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

24. Хаффорд М.Б., Сюй С., ван Хеерваарден Дж., Пихаярви Т., Чиа Дж.-М. и др. (2012) Сравнительная популяционная геномика одомашнивания и улучшения кукурузы. Нат Жене 44: 808–811 10.1038/нг.2309 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

25. Xu X, Liu X, Ge S, Jensen JD, Hu F, et al. (2012) Повторное секвенирование 50 образцов культурного и дикого риса дает маркеры для идентификации агрономически важных генов. Нат Биотехнолог 30: 105–111 10.1038/нбт.2050 [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

26. Lam H-M, Xu X, Liu X, Chen W, Yang G и др. (2010) Повторное секвенирование генома 31 дикой и культивируемой сои выявило закономерности генетического разнообразия и селекции. Нат Жене 42: 1053–1059 10.1038/нг.715 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

27. Hiremath PJ, Kumar A, Penmetsa RV, Farmer A, Schlueter JA, et al. (2012) Крупномасштабная разработка рентабельных анализов SNP-маркеров для оценки разнообразия и генетического картирования нута и сравнительного картирования бобовых. Завод Биотехнолог J 10: 716–732 10.1111/j.1467-7652.2012.00710.x [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

28. Ганал М.В., Дурстевиц Г., Полли А., Берар А., Баклер Э.С. и др. (2011) Большая кукуруза ( Zea mays L.) Массив генотипирования SNP: развитие и генотипирование зародышевой плазмы, а также генетические пробелы для сравнения с эталонным геномом B73. ПЛОС ОДИН 6: e28334 10.1371/journal.pone.0028334 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

29. Saxena RK, Penmetsa RV, Upadhyaya HD, Kumar A, Carrasquilla-Garcia N, et al. (2009) Крупномасштабная разработка экономичных анализов маркеров однонуклеотидного полиморфизма для генетического картирования голубиного гороха и сравнительного картирования бобовых. ДНК Res 19: 449–461 10.1093/dnares/dss025 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

30. Yu H, Xie W, Li J, Zhou F, Zhang Q (2014) Полногеномный массив SNP (RICE6K) для геномной селекции риса. Завод Биотехнолог J 12: 28–37 10.1111/пби.12113 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

31. Ахунов Э., Николет С., Дворжак Дж. (2009) Генотипирование однонуклеотидного полиморфизма у полиплоидной пшеницы с помощью анализа Illumina GoldenGate. Теория Appl Genet 119: 507–517 10.1007/s00122-009-1059-5 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

32. Гупта П. К., Рустги С., Мир Р.Р. (2008) Высокопроизводительные ДНК-маркеры на основе массива для улучшения урожая. Наследственность 101: 5–18 10.1038/hdy.2008.35 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

33. Ганал М.В., Полли А., Гранер Э.М., Плиске Дж., Визеке Р. и др. (2012)Большие массивы SNP для генотипирования сельскохозяйственных растений. Джей Биоски 37: 821–828 10.1007/с12038-012-9225-3 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

34. Бланка Дж. М., Паскуаль Л., Зиарсоло П., Нуэз Ф., Каньисарес Дж. (2011) Магистраль ngs: конвейер для очистки чтения, сопоставления и вызова snp с использованием последовательности следующего поколения. Геномика BMC 12: 285 10.1186/1471-2164-12-285 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

35. Deng X (2011) Seqgene: комплексное программное решение для анализа данных секвенирования экзома и транскриптома. БМК Биоинформатика 12: 267 10.1186/1471-2105-12-267 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

36. Сана М.Э., Ясконе М., Марчетти Д., Палатини Дж., Галассо М. и др. (2011) Games идентифицирует и аннотирует мутации в проектах секвенирования следующего поколения. Биоинформатика 27: 9–13 10.1093/биоинформатика/btq603 [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

37. Qi J, Zhao F, Buboltz A, Schuster SC (2010) ingap: интегрированный конвейер анализа генома следующего поколения. Биоинформатика 26: 127–129 10.1093/биоинформатика/btp615 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

38. ДеПристо М.А., Бэнкс Э., Поплин Р., Гаримелла К.В., Магуайр Дж.Р. и др. (2011)Структура для обнаружения вариаций и генотипирования с использованием данных секвенирования ДНК следующего поколения. Нат Жене 43: 491–498 10.1038/нг.806 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

39. Cock PJA, Fields CJ, Goto N, Heuer ML, Rice PM (2010) Формат файла Sanger FASTQ для последовательностей с показателями качества и варианты Solexa/Illumina FASTQ. Нуклеиновые Кислоты Res 38: 1767–1771 гг. 10.1093/нар/гкп1137 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

40. Формат Fastq. Доступно: http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format/. По состоянию на октябрь 2013 г.

41. Ли Х, Дурбин Р. (2010) Быстрое и точное выравнивание с длинным чтением с преобразованием Берроуза-Уилера. Биоинформатика 26: 589–595 10.1093/биоинформатика/btp698 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

42. Li H, Ruan J, Durbin R (2008) Картирование коротких чтений секвенирования ДНК и вызов вариантов с использованием показателей качества картирования. Геном Res 18: 1851–1858 гг. 10.1101/гр.078212.108 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

43. Лангмид Б., Зальцберг С.Л. (2012) Быстрое выравнивание с промежутками чтения с Bowtie 2. Nat Methods 9: 357–359 10.1038/нмет.1923 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

44. Короткое выравнивание Novocraft. Доступно: http://www.novocraft.com/. По состоянию на октябрь 2013 г.

45. Li R, Yu C, Li Y, Lam T-W, Yiu S-M (2009) SOAP2: улучшенный сверхбыстрый инструмент для выравнивания коротких чтений. Биоинформатика 25: 1966–1967 10.1093/биоинформатика/btp336 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

46. SOAP : Пакет для краткого анализа олигонуклеотидов. Доступно: http://soap.genomics.org.cn/soapaligner.html. По состоянию на октябрь 2013 г.

47. Ли Х., Хэндсакер Б., Высокер А., Феннелл Т., Руан Дж. и др. (2009 г.) Формат выравнивания/карты последовательности и SAMtools. Биоинформатика 25: 2078–2079 гг. 10.1093/биоинформатика/btp352 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

48. Азам С., Такур В., Руперао П., Шах Т., Баладжи Дж. и др. (2012) Консенсусный вызов на основе охвата (CbCC) чтения коротких последовательностей и сравнение результатов CbCC для идентификации SNP в нуте ( Cicer arietinum ; Fabaceae ), культурных видах без эталонного генома. Ам Джей Бот 99: 186–192 10.3732/ajb. 1100419[PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

49. Геномы. Доступно: http://www.1000genomes.org/node/101. По состоянию на октябрь 2013 г.

50. Li R, Li Y, Fang X, Yang H, Wang J и др. (2009)Обнаружение SNP для массивно-параллельного ресеквенирования всего генома. Геном Res 19: 1124–1132 10.1101/гр.088013.108 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

51. Милн И., Байер М., Кардл Л., Шоу П., Стивен Г. (2010) Планшет — визуализация сборки последовательности нового поколения. Биоинформатика 26: 401–402 10.1093/биоинформатика/btp666 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

52. Милн И., Шоу П., Стивен Г., Байер М., Кардл Л. и др. (2010) Flapjack – графическая визуализация генотипа. Биоинформатика 26: 3133–3134 10.1093/биоинформатика/btq580 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

53. Версия стандартного формата функций 3 (GFF3). Доступно: http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml. По состоянию на октябрь 2013 г.

54. Нильсен Р., Пол Дж. С., Альбрехтсен А., Сонг Ю. С. (2011) Генотип и вызов SNP на основе данных секвенирования следующего поколения. Нат Рев Жене 12: 443–451 10.1038/нрг2986 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

55. Инструмент для разработки ПЦР (ADT). Доступно: http://support.illumina.com/array/array_software/assay_design_tool.ilmn. По состоянию на октябрь 2014 г.

56. Фличек П., Бирни Э. (2009) Смысл чтения последовательности: методы выравнивания и сборки. Нат Методы 6: 6–6 10.1038/н-мет.1376 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

57. Li H, Homer N (2010) Обзор алгоритмов выравнивания последовательностей для секвенирования следующего поколения. Кратко Биоинформ 11: 473–483 10.1093/нагрудник/барбекю015 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

58. Брэдбери П.Дж., Чжан З., Крун Д.Э., Касстевенс Т.М., Рамдосс Ю. и др. (2007) TASSEL: программное обеспечение для картирования ассоциаций сложных признаков в различных образцах.